Colgó las botas y empezó a aprender el oficio de entrenador como asistente primero de Maarten Stekelenburg y luego de Bert van Marwijk. Mark van Bommel tuvo su primera experiencia como entrenador en el PSV Eindhoven, enfrentándose al Barça en la temporada 2018-19, para después tener un breve paso por el banquillo del Wolfsburgo y Llegando a Amberes, rival del Barça mañana en el debut de la Champions, en julio de 2022 de la mano de otro viejo conocido de la afición azulgrana, Marc Overmars.
Este último se convirtió en director deportivo del club belga en la primera mitad del año pasado, poco después del escándalo sexual que provocó su salida del Ajax y no dudó en apostar por su compatriota para el banquillo de Amberes con un excelente resultado. El año pasado consiguieron el doblete después de no ganar la liga desde 1957. Este año ya ganaron la Supercopa local contra el Mechelen.
Su paso por el Barça
Van Bommel también consiguió un doblete en el Barça. Sólo jugó una temporada en el Camp Nou, la 2005-06. Llegó con la carta de libertad del PSV Eindhoven a petición de Frank Rijkaard. El técnico holandés quería más músculo en el centro del campo y Van Bommel compartió línea con Deco, actual director deportivo del Barça, y Xavi, actual entrenador.. También con Edmílson y un joven Iniesta que pedía minutos en el primer equipo.
El triángulo Edmílson-Deco-Xavi fue el titular para Rijkaard, con Van Bommel por delante de Iniesta, sobre todo en competición europea. El holandés, beneficiado por la grave lesión de rodilla de Xavi y de jugadores como Henk Ten Cate, asistente de Rijkaard, adelantó en muchos partidos al jugador de Fuentealbilla. Uno de ellos de especial recuerdo para los barcelonistas, la final de la Champions en París.
La rivalidad con Iniesta
Van Bommel arrancó cuando todos esperaban a Iniesta, que tuvo que entrar al campo al rescate tras el descanso. Lo hizo por Edmílson y Van Bommel fue sustituido después por Larsson, clave en la remontada ante el Arsenal. La rivalidad entre el holandés e Iniesta, que ya existía antes de aquella final, aumentó y el centrocampista holandés, viendo que la progresión del manchego era imparable, decidió abandonar el club a principios de la siguiente temporada tras no haber jugado un solo minuto en los tres primeros partidos oficiales de aquel curso. Se fue al Bayern de Múnich por seis millones de euros y después de haber disputado 36 partidos con el Barça marcó cuatro goles.
Su paso por el Barça fue corto pero exitoso y le marcó. Ya con la selección alemana dedicó un homenaje a la afición del Real Madrid tras marcar en el Santiago Bernabéu. También marcó esa rivalidad con Iniesta, al que sometió a un duro marcaje en la final del Mundial de Sudáfrica 2010. Años después, regresa a la que fue su casa.