Identifican alteraciones que inducen el desarrollo de
Un estudio internacional en el que han colaborado la Universidad de Stanford y el Vall d’Hebron Instituto de Oncología (VHIO), que forma parte del Campus Vall d’Hebron, valida una nueva metodología para identificar variaciones genéticas inductoras de cáncer, las que conocemos como drivers , mediante el análisis de copias genéticas aumentadas en modelos organoides preclínicos. El estudio ha sido publicado en la revista Cell Reports.
Las células tumorales requieren de una o varias alteraciones en su ADN que provocan su división y proliferación descontrolada, llamadas drivers. Algunos de estos impulsores consisten en un aumento del número de copias de ADN en determinadas regiones del genoma. Sin embargo, debido a que estas regiones pueden ser muy amplias, en muchos casos no se sabe qué gen actúa como conductor dentro de esa región.
Este trabajo tiene un enfoque computacional liderado por el laboratorio de la Dra. Christina Curtis de la Universidad de Stanford y el Grupo de Biología Computacional del VHIO, liderado por el Dr. José Antonio Seoane, y un screening en organoides desarrollado por el laboratorio del Dr. Calvin Kuo de la Universidad de Stanford. .
El objetivo de este trabajo fue identificar nuevas alteraciones en el número de copias que induzcan el desarrollo de cáncer. «En primer lugar,» explica el Dr. José Antonio Seoane, jefe del grupo de Biología Computacional del Cáncer y co-primer autor del estudio junto al Dr. Ameen Salahudeen de la Universidad de Stanford, “Realizamos un screening computacional con la idea de identificar amplificaciones en el número de copias que pudieran estar relacionadas con la oncogénesis, analizando la frecuencia de aparición de estas alteraciones en los datos del Proyecto Atlas del Genoma Humano (TCGA) y correlacionándolas con cambios en la expresión genética.
Este enfoque computacional integrador nos permitió reducir el número de genes candidatos a ser impulsores oncogénicos a alrededor de 1.000. De ellos, un subconjunto de 393 genes candidatos se validaron en organoides (modelos tridimensionales de órganos creados en el laboratorio) de ratón y humanos de cáncer de esófago, cavidad bucal, colon, estómago, páncreas y pulmón. Los investigadores provocaron amplificaciones del número de copias de códigos de barras al infectar el ADNc con lentivirus. Posteriormente, se dejó crecer a los organoides y se secuenciaron para cuantificar las poblaciones de genes marcados; cuantos más clones, más probable era que ese gen fuera realmente un conductor.
“Utilizando este sistema de código de barras y lentivirus pudimos identificar varios oncogenes ya conocidos como CDK4 y CDK6 o KRAS en estos tipos de cáncer, validando la nueva metodología” explica el Dr. Seoane “pero, además, hemos podido identificar dos nuevos drivers oncogénicos, FGF3 en cáncer de esófago y DYRK2 en cáncer de cavidad bucal”.
“El artículo que hemos publicado en la revista Cell Reports es un estudio metodológico que demuestra la utilidad de este sistema para la detección de drivers que inducen el desarrollo del cáncer, pero también tiene importancia clínica ya que existe un inhibidor de FGF3 aprobado en Estados Unidos. . «Estados Unidos para el cáncer de vejiga y biliar y este estudio abre la puerta a investigar si una terapia dirigida a FGF3 será eficaz en pacientes con cáncer de esófago, que normalmente tiene un mal pronóstico». concluye el Dr. José Antonio Seoane.
La investigación llevada a cabo por el Grupo de Biología Computacional del Cáncer del VHIO, liderado por el Dr. José Antonio Seoane, cuenta con el apoyo de la Fundación “la Caixa”.
